Le attività che vengono svolte nei punti vendita aziendali, nelle botteghe e nei mercati si stanno sempre più evolvendo, come dimostra anche dal via libera dell’Anci alla somministrazione non assistita di alimenti. In questo ambito è sempre bene ricordare che anche una minima manipolazione o trasformazione del prodotto a vista o in un laboratorio adibito, richiede il rispetto di rigorose attenzioni igieniche e la stesura di un piano di autocontrollo che consideri anche questa fase.
Innanzitutto, trasversale a qualsiasi processo di manipolazione, vige il rispetto dei programmi prerequisito (basilari e antecedenti alla stesura del piano), così come stabilito dal Reg. CE 852/2004. Rientrano fra questi, ad esempio, i requisiti generali applicabili ai locali, i requisiti applicabili alle attrezzature e anche l’igiene  personale dell’operatore, che è obbligatoria da rispettare, ed è oltretutto un valore aggiunto per l’affidabilità dell’azienda se la manipolazione avviene a vista del consumatore. Alcuni accorgimenti sono l’utilizzo di guanti o copricapo, ma anche ad esempio tenere atteggiamenti corretti come non toccare bocca, capelli, naso, non tossire e non manipolare denaro e subito dopo gli alimenti senza gli adeguati accorgimenti igienici.
La fase di manipolazione e preparazione è molto eterogenea e può includere operazioni più semplici come il taglio di verdure, salumi o formaggi, fino a manipolazioni più elaborate che, a seconda, del tipo di attività, possono arrivare a comprendere la cottura.
Un punto critico nelle fasi di lavorazione è un eventuale scongelamento. È sempre preferibile scongelare i prodotti lentamente a temperature di refrigerazione, o rapidamente ad esempio con il microonde, ma mai a  temperatura ambiente, per evitare che  i microrganismi possano facilmente riattivarsi nel prodotto. Per un eventuale congelamento, è sempre meglio porzionare gli alimenti proteggendoli con involucri adatti e separandoli per classi merceologiche. Per praticità, è consigliabile etichettare ogni prodotto con la denominazione e la data di congelamento, in modo da rispettare i tempi di conservazione e garantire sempre un prodotto sicuro.
La cottura è un altro punto critico nell’autocontrollo. L’obiettivo è raggiungere i 75°C al cuore del prodotto (soprattutto per le carni), in modo da eliminare tutte le specie microbiche. Oltre  a seguire a vista la cottura, si può utilizzare un termometro a sonda per essere certi che tutte le parti del prodotto abbiano raggiunto le temperature di sicurezza. Una volta cotti, i prodotti da consumare freddi devono essere rapidamente raffreddati, per evitare il diffondersi di batteri. Generalmente si consiglia ad esempio di passare da 65°C a 7°C in circa 60 minuti e da 7°C a -18°C in 4 ore, utilizzando eventualmente un abbattitore di temperatura.
Durante tutte le fasi di lavorazione occorre prestare molta attenzione al contatto tra alimenti crudi e cotti. La lavorazione di alimenti crudi e cotti dovrebbe avvenire sempre in zone separate, ma qualora questo non fosse possibile, bisogna assicurarsi sempre di sanificare le superfici tra una lavorazione e l’altra. È sempre preferibile utilizzare attrezzature diverse, in quanto per alcuni strumenti (ad esempio, tritacarne o affettatrici) può essere difficile arrivare a pulire in profondità qualsiasi componente, quindi c’è il rischio di contaminazione crociata, ossia che microrganismi presenti nei prodotti crudi contaminino gli alimenti cotti che vengono destinati direttamente al consumatore. Inoltre, tutti gli utensili devono essere adeguatamente sanificati dopo ogni manipolazione e devono essere tenuti in buone condizioni, e sostituiti se danneggiati, evitando così il rischio di contaminazione fisica, ossia che frammenti ad esempio di vetro o plastica finiscano nel prodotto.
Dopo aver manipolato il prodotto, bisogna preoccuparsi sempre di proteggerlo accuratamente. Per la conservazione, occorre utilizzare sempre contenitori e materiali adatti e integri. Non riutilizzare mai i contenitori a perdere, mentre per i recipienti riutilizzabili, assicurarsi sempre che siano puliti prima di ogni utilizzo. I prodotti eventualmente esposti, devono essere conservati in banchi refrigerati e protetti ad esempio da polveri o insetti, e dal contatto con la clientela stessa. Va evitato di conservare insieme alimenti merceologicamente diversi, crudi e cotti e confezionati e sfusi perché il confezionamento può essere veicolo di microrganismi che possono contaminare gli altri alimenti.